Історія створення і розвитку Херсонської державної морської академії невід’ємно пов’язана з історією розбудови міста Херсона як центра кораблебудування і підготовки моряків.

Закладений у 1778 році у вигідному, з географічної та військової на той час точки зору, місці Херсон започаткував суднобудівну галузь на Чорному морі.

З розвитком кораблебудування загострювалося питання підготовки національних морських фахівців – штурманів і шкіперів.

20 лютого 1834 року за клопотанням графа Воронцова та резолюцією імператора Миколи І в місті Херсоні було відкрито училище торговельного мореплавства. Указ проголошував: «Цель сего ученого заведения состоит в приготовности молодых людей, во-первых: в штурмана и шкипера на частные купеческие мореходные суда, и, во-вторых: строители коммерческих судов…».

Для розміщення новоствореного училища було передано три будинки колишнього адміралтейства. Контингент училища формувався з 24-х вихованців 14-17-річного віку – пере- важно з дітей купців і міщан, що мешкали на півдні України та в Криму. Термін навчання в училищі складав 4 роки.

Особливістю новоствореного морського навчального закладу була змішана форма фінансування. Крім вихованців на казенному утриманні, штатом передбачалося навчання ще 10-14-ти осіб за власні кошти та декілька вільних слухачів з числа моряків-практикантів.

Претенденти для вступу до училища повинні були вміти читати та писати, знати 4 правила арифметики, а також бути міцної статури, без тілесних недоліків і виховані «в страхе Божьем и доброй нравственности».

До програми училища, крім загальноосвітніх і спеціальних предметів, входили іноземні мови: грецька, турецька, італійська, німецька, французька.

Училище було закритого типу і знаходилося у казарменому стані, тому вихованці не відпускалися додому до закінчення повного курсу.

Після закінчення училища відмінники отримували звання штурмана, решта вихованців – помічника. Тих, що відзначилися, нагороджували книгами, морським інструментом, срібними великими та малими медалями.

Першому в Україні морському навчальному закладу випала доля організаторів фахової підготовки національних морських кадрів і своїми випускниками замінювати іноземних шкіперів. Вже до кінця ХІХ століття вихованці Херсонського училища пов-ністю замінили на Чорномор’ї іно- земних штурманів і шкіперів.

З роками формувалися традиції морського закладу, зростала його популярність серед молоді.

У 1859 році Т.Г. Шевченко із заслання писав братові Варфоломію: «Пишешь, что тебя не было дома, что ты хлопцев возил в Херсон. Хорошо сделал еси! Да только пристроил ли их в то училище торгового мореплавания? Если пристроил, то молись Богу и ложись спать. Из хлопцев люди будут».

Як засвідчує історія, висока оцінка Т.Г. Шевченка якості навчання і виховання курсантів у «Херсонській морехідці» справджується і по цей час.

Морський навчальний заклад неодноразово реорганізовувався і набував статусу відповідно до освітньої політики держави:

У 1834 році – училище торгівельного мореплавства.

У 1872 році – морехідні класи     2-го розряду на чолі з комітетом з 5-ти осіб, обраних міською Думою.

У 1875 році  відповідно – морехідне училище, яке готувало тільки штурманів малого плавання.

У 1880 році – трикласний навчальний заклад:

І – клас пізнання для штурманів каботажного плавання;

ІІ – для шкіперів каботажного та штурманського плавання;

ІІІ – для шкіперів дальнього плавання.

З 1903 року навчальний заклад стає морехідним училищем дальнього плавання з 3-річним навчанням кадетів віком від 17-ти до 24-х років. У цьому ж році введено формений одяг для кадетів і викладачів.

У 1920 році навчальний заклад реорганізовується у вечірній технікум водного транспорту.

З 1930 року – це Херсонський морський технікум, який готував спеціалістів з експлуатації морського торгівельного флоту. На це відділення допускалися і жінки.

У 1944 році морський заклад поновлює роботу як морехідне училище закритого типу для підготовки кадрів судноводіїв, судномеханіків, технологів судноремонту з повним державним забезпеченням курсантів. Заняття проводилися у приміщенні міської школи № 20.

У 1996 році морехідне училище реорганізоване в  Херсонський морський коледж другого рівня акредитації.

У 2007 році за розпорядженням Кабінету Міністрів України № 414-р від 13.06.2007 р. та наказом Міністерства освіти і науки України № 500 від 16.06.2007 р. на базі  діючого морського коледжу і приватного морського інституту створено Вищий навчальний заклад «Херсонський державний морський інститут».

15 червня 2011 року Урядом прийнято розпорядження «Про утворення Херсонської державної морської академії».

За всі роки існування в Херсонському морському закладі підготовлено понад 45 тисяч морських фахівців. Серед них більше трьох тисяч капітанів далекого плавання, понад 2 тисячі головних механіків, близько тисячі електромеханіків, стільки ж начальників радіостанцій сучасних морських суден.

Серед випускників – 10 Героїв, 9 адміралів, 2 генерали, 3 письменники, 3 лауреати Державної премії СРСР, 12 учених, 3 начальники пароплавств, 4 начальники портів, 2 директори судноремонтних заводів, 2 начальники морських училищ, 2 заступники міністрів морського флоту СРСР, а також заслужені вчителі України, автори підручників для морехідних училищ СРСР.

Імена випускників Херсонського морського закладу присвоєно 32-м суднам торговельного флоту.